国际奎师那知觉协会吸引了众多支持者，但也同时引来了批评[7]。
尽管皈依的门徒誓守四项基本原则：素食、不用麻醉品、不赌博、没有非法的性行为，并且真诚的门徒努力灵修以期超脱物质束缚而回归灵性世界，但仍有以下传闻。
诺丽·穋斯特是国际奎师那知觉协会的前成员，她批评协会在招募过程中行使欺骗手段，又出版了《灵魂的背叛》一书，指控国际奎师那知觉协会内部出现虐待行为，令很多协会成员退出该会[2]:352。
国际奎师那知觉协会要求成员的儿女在五岁起住在协会的寄宿学校，从而令他们的父母可以毫无负担地为协会提供服务；有住在这些寄宿学校的儿童表示遭到其他协会成员和学校教师的性骚扰或强奸，亦有儿童被殴打、虐待、体罚和威吓，而且还没有足够的食物和及时的医疗服务[2]:14。2000年，92名曾就读国际奎师那知觉协会寄宿学校的儿童提出集体诉讼，声称在寄宿学校内受到性侵犯、身体虐待和精神虐待，协会因而被判令赔偿[2]:14。
国际奎师那知觉协会的领袖克依檀阿南达·玛哈拉杰（英语：Kirtanananda Swami）在1996年卷入诈骗和谋杀诉讼，被指涉嫌参与一宗涉款1,000万美元的集资骗案[2]:13。与此同时，两名国际奎师那知觉协会成员遭到谋杀，其中一人打算公开克依檀阿南达的所作所为；疑犯同是该会的信徒，他声称是克依檀阿南达煽惑他犯案[2]:13。结果，克依檀阿南达被判囚20年，但在服刑八年后获释[2]:13–14。
在俄罗斯，一名十六岁少女参加了国际奎师那知觉协会的活动，后来以自残来威胁父母给她金钱，让她上缴给协会的领导人[11]。后来，一些国际奎师那知觉协会成员到访该名少女的家，声称要为少女一家的住宅驱逐邪灵；协会成员离开后，少女的父母发现有财物失窃，但少女又以自残作为威胁，要求父母不要向警方报案[11]。这名少女其后死去，家属怀疑她的死与国际奎师那知觉协会有关[11]。